Operación Puerto kaldes undersøgelse af det spanske politi mod dr Eufemiano Fuentes, som angiveligt har hjulpet optil 200 atleter med at tage doping. Undersøgelsen fik megen opmærksomhed før Tour de France 2006 da det kom frem, at tre af de største favoritter i konkurrencen blev fremhævet i undersøgelsen og efterfølgende udelukket.
Historien om Operación Puerto eskalerede marts 2004, hvor den spanske cykelrytter Jesús Manzano fortalte den spanske avis AS om systematisk doping hos hans tidligere team, Kelme. Disse beskyldninger ledte til en undersøgelse af Kelmes team læge Eufemiano Fuentes, den tidligere tale læge Walter Viru og Alfredo Cordova, der arbejdede for Liberty Seguros,
I begyndelsen af 2006 begyndte en undersøgelse af Fuentes af den spanske anti-doping afdeling af Guardia Civil.
Undersøgelsen blev indledt den 23. maj 2006, da sports direktør for cykelholdet Liberty Seguros-Würth Manolo Saiz blev arresteret sammen med Eufemiano Fuentes samt tre andre i Madrid, for mistanke om doping.
I forbindelse med anholdelsen af Fuentes foretog man en ransagning af huse, der tilhørte ham og hans kolleger og der blev fundet omkring tusind doser af anabole steroider, hundrede pakker af blod og maskiner til at manipulere blodet samt foretage blodtransfusioner.
I alt 200 atleter blev nævnt i forbindelse med undersøgelsen, hvoraf cirka 50 var cyklister. De bedst kendte er Jan Ullrich og Ivan Basso.
I marts 2007 meddelte en spansk domstol, at sagen skulle henlægges da doping ikke er en forbrydelse. Men UCI annoncerede at de kunne bruge sagsakterne til at stoppe cyklister senere.
I slutningen af juli indrømmede den tyske cykelrytter Jörg Jaksche i et eksklusivt interview til Der Spiegel at at han havde været kunde hos Fuentes. Bella Jorge, som han blev kaldt på Fuentes-listen, sagde han begyndte at bruge EPO i løbet af sit første år som professionel.